《灰蛊》一共有三大派系：贝塔族（Beta），人族（Human）和蛊族（Goo）。每个种族都会有着独特的战略技巧以及“史诗”级单位出现在战场上——玩家可以同时在单人战役模式以及对人对战模式中操作这些大家伙。游戏故事描述在人类首度离开地球的五世纪后，三个阵营争相来控制岩石绿洲的命脉：生态系统Nine，这是一个混乱的世界，要生存必须凭借个成长、战斗与进化的能力。身为三个阵营之一的指挥官，玩家的目标很简单，就是发动战争。